全书共37卷，《赤水玄珠》30卷，分76门，论述内外妇儿各科病症，每门再条分缕析，分述因、证、治方、附诸家治验。本书以明证为主，广辑《内经》及其后170劝余种医著，结合自己经验，编撰成书。
《医旨绪余》2卷，为《赤水玄珠》续编。上卷44篇，下卷26篇。集诸家之说，辩论脏腑、气血、经络、腧穴。阐述太极、阴阳、五行，解释命门、相火、三焦之意。对前代诸家学说，评述较为公允。
《孙氏医案》又名《孙文垣医案》，5卷。由子泰来、明来及门人余煌等整理而成。按孙氏行医地区顺序编写，分《三吴治验》2卷、《新都治验》2卷、《宜兴治验》1卷。共集医案300多例，各案以时间为序，少叙医理，多论证治，与前两书相辅相成。
本书汇集明代以前诸家之粹，所论精辟，是一部有参考价值的综合性医书。
孙一奎(1522—1619年)，明代著名中医学家。字文垣，号东宿，别号生生子。安徽休宁人。生活于明嘉靖万历年间。为汪石山的再传弟子。孙氏自幼聪颖，好学勤求，为寻师访友，曾远历湘赣江浙等地，广询博采，访问名贤，探冥搜奇，经三十年，不但为人治病多验，而且在学术理论上颇有建树，尤其对命门、三焦等理论研究，均有个人见地，为人决死生多能效验，临证投剂屡起沉疴，学验俱丰，故名噪当时。著述有《赤水玄珠》30卷，《医旨绪余》2卷及《孙氏医案》5卷。
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